Trung tâm Giáo dục Y học là đơn vị thuộc Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch có vị trí tương đương như các Khoa, Phòng thuộc Trường, chịu sự quản lý toàn diện của Đảng ủy, Hội đồng Trường và Hiệu trưởng Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch.
Sau khi hoàn thiện cơ cấu, Trung tâm sẽ bao gồm 01 Trưởng Trung tâm, 02 Phó Trưởng Trung tâm và 05 đơn vị trực thuộc.
